其中，首要考虑的便是医学论文的格式。
一篇医学论文大致可以划分为：标题、作者、摘要、关键词、正文、参考文献等部分的内容。
论文作者必须是直接参与选题、设计、研究、观察、资料分析与解释或撰写关键内容，并能对文稿全部内容负责、同意文稿发表者。作者排序由作者在投稿时确定，投稿后一般不得改动。作者单位名称应写全称，并应给到科室。省会及名城的医院和所有医学院校均不加省名。
论著一般要求3~6个关键词，注意第1个关键词的选用，该词应反映全文最主要的内容。中英文关键词应一致，均不用缩写。
(2) 方法 主要介绍研究对象(人或实验动物，包括对照组)的选择及其基本情况，以及研究所采用的方法及观察指标。常用标题有“材料与方法”、“对象与方法”、“资料与方法”等。临床研究需交待病例和对照者来源、选择标准及研究对象的年龄、性别和其他重要特征等，并应注明参与研究者是否知情同意。临床随机对照研究应交待干预方法的设计(随机方法)和采用的盲法。
(3) 结果 是论著的核心部分。应将研究过程中所得的各种资料和数据，进行分析、归纳，经过必要的统计学处理，然后用文字和图表加以表述。结果的叙述要客观真实，简洁明了，重点突出，层次分明 ，合乎逻辑，不应与讨论内容混淆。若文中设有图表，则正文不需重述其全部数据，只需摘述其主要发现或数据。
(4)讨论 应着重讨论研究中的新发现及从中得出的结论，包括发现的意义及其限度，以及对进一步研究的启示。若不能导出结论，也可进行必要的讨论，提出建议、设想、改进的意见或需解决的问题。应将研究结果与其他有关的研究相联系，并将本研究的结论与目的相关联。不必重述已在前言和结果部分详述过的数据或资料。不要过多罗列文献，避免作不成熟的主观推断，最好留有余地。不应列入图表。
标注参考文献可以反映论文的科学依据，体现尊重他人研究成果的态度，并向读者提供有关信息。必须是作者亲自阅读过的、主要的、发表于正式出版物上的原始文献。文内引用时，按文献出现的先后顺序用阿拉伯数字连续编码;图中引用时，按其在全文中出现的顺序编号，引文标注在图题或注释中，图中不应出现引文标注;表中引用时，在表中依次标注。
1.事物划分依据不明
对任何事物的分类依据应是唯一的，如果没有明确的、唯一的依据，必然产生认识上的混乱。把一个事物分成若干个小类是常用的逻辑方法，在医学论文写作中也很常用，如处置不当就会产生概念交叉。例如，“关于VE，在补充适当剂量硒的情况下，本实验中未观察到有明显差异，但与东北、河南、河北病区比较，含硒较高，与非病区及部分城市的水平接近……”
该例中，病区与非病区是一种划分方法，城市与农村又是一种划分方法，现在两种方法并用，势必产生概念交叉。文中所论的部分城市，可能有的属于病区，有的属于非病区。
2.部分与整体处置不当
在论文写作中，有表示部分的词汇，有表示整体的词汇，应严格区分，即广义名词和专义名词的应用。医学论文中常常发生两者处置不当、应用混乱的现象。例如，蛋白质-白蛋白-蛋清，维生素B-维生素B维生素，食品-食物，饮食-膳食等。
3.模棱两可
表述清楚、确切是医学论文的基本要求，用字和措辞必须恰当，不可含糊其辞、无确切含义，以免引起误解。例如，“有关资料记载，猪受到应激时，其中心体温高达42-45℃以上”
该例为表述不确切，“高达45℃以上”，上到何种程度，另外，既然可高达45℃，达到42℃、43℃、44℃，自然是题中应有之义，故也欠妥。此处不妨改为“可达45℃，甚至更高”。
4.多词混用
在一篇论文里，一个名词只能用来表示一个意思，一件事物只能用一个名词来表示。有的作者在一篇论文里同时使用几个同义名词，如提取-萃取，特异性，专一性等。
5.语义有别
在有些文章中，词语表达和实际内容有一定差别，经分析，问题在于没有把握近义词的应用区别。如将步骤表达为程序、手续，将方法写为过程等。因此，对于一些意义相似但的确不相同的名词，在使用时必须严格地加以区别。
