都说医学基础科研难做，其实并不然。
那是因为没有人告诉你其中的「套路」。
今天分享一篇老文章，一个从临床问题出发的基础课题，一般来说包括：临床、细胞、动物和机制四个部分。
临床层面基本套路
临床部分大家最为熟悉，平时接触到大量的病例信息，最关键的实验材料——样本也是很容易拿到的，所以只用临床的样本和资料也可以发文章，问题在于怎么做才能把文章发到最高，以及能发几篇文章。
现总结程咬金的三板斧：差异 + 相关 + 预后或者诊断，逻辑基础就是相关。
第一步：差异。
差异是明确实验组和对照组的差异因素，这里的因素可以是基因分子也可以是某个我们干预的措施，也就是说某个因素伴随着疾病的发生发展有变化；
第二步：相关。
相关是这个因素与疾病其它因素相关性。比如某个蛋白在动脉粥样硬化发病时表达升高，那这个蛋白是否与血脂含量有关？
因为血脂含量是动脉粥样硬化的危险因素，如果两者显著相关，这个蛋白与动脉粥样硬化的关系就更进一步了。因此有可能存在蛋白——血脂含量——动脉粥样硬化这样的发病机制。
第三步：预后或者诊断。
最后我们要考虑的就是这个蛋白作为疾病诊断和预后标志物的表现。我们常用 ROC 曲线来评价这个指标的灵敏度和特异性，用生存分析和单/多因素 COX 分析来看这个指标是否可以独立的指征患者预后。
差异 + 相关 + 预后/诊断，这个就是临床层面研究的基本套路。
我们可以看到成百上千篇这样的文章，分数有高有低，高的 5 分+，低的 1 分，最常见的一个主题就是分子标志物。影响分数的因素有很多，样本量、创新性、结果好坏、分子和杂志的选择等等。
细胞层面基本套路
三步走：选细胞 + 因素干预 + 表型检测。
做研究多了后会把这三个步骤固定下来，变化的是因素，即所有的四个层面都会遇到的关键问题：如何选择要研究的分子，这个问题视频课程《从零开始做医学基础科研，小张教你发 SCI 文章》中有详细说。
第一步：选细胞。
一个疾病的病因太多了，所以我们选择细胞的时候要考虑从哪个角度展开了。比如研究肿瘤的时候我们可以选择肿瘤细胞，微环境中的细胞（比如肿瘤相关成纤维细胞CAF），也可以选择免疫细胞。
大家最常选的是肿瘤细胞，做多了以后就会把其它的可能性忽略了，以至于看到有人研究 CAF、TAM 的时候认为很新，其实这是思维角度的局限。
第二步：因素干预。
选好细胞以后，干预的因素这点大家最为熟悉的就是基因沉默、过表达，方式是 siRNA 和 shRNA。只此一点同样会遇到很多问题，比如基因的干扰效率很低，干扰后 RNA 表达有差异，蛋白表达没有差异等等。
第三步：表型检测。
关于细胞的表型，大家一般喜欢检测增殖、周期、凋亡和自噬，其实除此之外还有太多表型了。
如果把细胞当做人来考虑，除了生死之外的问题太多了。所以具体怎么选择要检测的表型也是一门学问，什么热做什么（比如细胞自噬）的标准太盲目。这样的套路出来的文章也确实很多，以关键词 knockdown/overexpressionpromotes/inhibits 为关键词从 pubmed 一找一大片。
动物模型出发的基本套路
这个层面的套路基本与细胞类似：构建疾病动物模型 + 因素干预 + 表型检测。
虽然套路相似，考虑的问题却是不一样的。
比如有人用裸鼠做 Treg 对肿瘤细胞的免疫抑制研究，怎么做都做不出来，这就要考虑动物层面与临床层面的差异了，比如免疫、基因和代谢。
一个基因在物种里面的保守性如何，大家也常常忽略。在老鼠身上好用的 marker，如果人身上没有这个基因，这个研究的意义在哪里？
除此之外，动物干预的方式要比细胞多，因为我们可以直接用修饰过的细胞进行干预，比如基因敲除或者改造过的间充质干细胞治疗肺损伤。还有就是动物实验非常看重分组和对照，假手术就是其中一个关键的分组。
不过，动物实验有个好处：文章的分数可以发的很高，而且有很多杂志特别喜欢这种「套路」的研究，只要言之有理就可以发表。
机制层面的基本套路
五步法让你研究分子机制再也不愁！
- 信号通路：信号通路千千万，找到一条是关键，通路关系太复杂，讲不清楚就完蛋！
- 明星分子：明星分子选得好，文章分数才能高，中游节点最常选，上下连接有得搞！
- 中心法则：中心法则像楼梯，三个水平N多级，从大到小逐层找，推理验证少不了！
- 工具分子：一个结果多个因，工具分子一大群，具体哪个有作用，IP验证指乾坤！
- 具体位点：分子整体有作用，具体位点讲不清，拆开组合来验证，整个世界都安静。
分子机制层面涉及的内容较多，具体详见下方推荐的视频教程。
对大家来说只要到第二步骤：把信号通路和明星分子检测到了就足够把文章发到 5+。
第三步围绕中心法则的转录和转录后机制研究是一道门槛，跨不过这关，高分文章难发，基金也难中。
