论文被接收后，期刊编辑会把论文的final version发给出版商（publisher）。在这里，我们要有这个常识，国外的学术期刊，大体可以分为OA（open access）类和Non-OA类两类。
- OA类期刊：在笔者的领域大多数位于欧洲，是从作者们那里收取不菲的版面费，但是读者可以随便下载的。国内不少同道经常有个错误观点，认为收取版面费的SCI期刊就是水货骗钱的，给钱就能发，其实是不对的，人家只不过是期刊的运营方式不同而已。例如这类期刊包括PLOS系列、BMC系列、Scientific Reports等期刊，有些期刊的影响因子还相当的高。当然，现在异常猖獗的英文诈骗期刊很多，许多人都经常收到这类的邮件邀请投稿，提醒大家不要上当。原则上我们选择期刊，要选择本领域熟悉和了解的期刊。对于陌生期刊，需要进行确认后才能考虑，否则容易上当。
- Non-OA类期刊：该类期刊是不收作者钱的，而是从读者和出版社等处收费的。对于Non-OA期刊，论文被发表后，论文的所有权是归publisher的。这就是为什么我们的论文在Non-OA类期刊发表之后，我们不能公开传播的道理，否则会违反国外的版权法，引起一些不必要的麻烦和纠纷。
出版社收到编辑送来的论文后，通常会和通讯作者进行联系，要求作者来填写几个表格，一般是在线填写。其中一个是Copyright Transfer Agreement form：CTA，也就是同意把版权归出版社的声明。里面详细规定了出版社的种种权利等，根据期刊不同，需要通讯作者或全部作者来签名。部分期刊是在线签名即可，部分是需要打印出来表格，签名后email发给出版社。提醒一下，如果是需要所有作者签名，不可以代签，在国外这是很严重的违法行为。
另一个表格是Open Access表格。也就是即使对于Non-OA期刊来说，作者也可以选择自己花钱给出版社，然后自己的论文任何人都可以随便下载。这样的好处是，因为可以随便下载，所以日后的引用率可能会高一些。如果有同学同道特别想增加自己论文的引用率，可以考虑选择Open Access。但是OA的价格不菲，至少是1000美元或欧元以上，所以要三思而行。
还有个表格，只是部分期刊要求的，需要填写conflict of interests表格（利益冲突）和基金资助情况的。另一部分期刊只是要求把这些在论文中声明清楚就可以了。这个表格有的期刊要求在投稿的时候，每个作者都要填好签名，连同论文一起提交，否则不予处理投稿。例如，笔者领域的著名期刊Journal of Clinical Psychiatry就是这样。所以投稿前，仔细阅读投稿须知（Guide for Authors）很重要。
此外，还有个是order offprints表格。也就是因为论文的版权归出版社，严格来说作者不能随便传播自己的论文，但是出版社可以按折扣价把论文卖给作者传播使用，一般来说，作者买自己的论文份数越多折扣就越大。在许多人看来花钱买自己的论文有些可笑，但这里体现的是对知识产权的尊重。
这些表格填好提交后，出版社就会对论文进行排版，做好proof（论文校样）发给通讯作者来检查。他们会把在排版中发现的问题和错误，用queries的形式放到proof里面，要求作者来答复或修改。除了答复这些之外，作者们一定要多人逐字逐句的检查proof，看看是否有错误，一般来说都会发现或多或少的错误。有些是作者们自己不小心造成的，有些则是负责排版proof的编辑造成的。笔者曾经遭遇过负责排版的编辑把本来正确的FIGURES弄混，甚至是漏掉大段文字的情况，所以一定要多人逐字逐句仔细检查，才能最大程度地减少错误。在这个阶段，除了是排版编辑造成的错误外，原则上只允许修改拼写错误。如果涉及到增加/删除作者、或调整作者顺序，或修改Results等重大修改，一般需要送回去取得期刊主编同意才行，所以这个时候强烈不建议再动author list上面任何东西了。修改proof的时间通常给的都很短，一般是48-72小时。作者们会被告知，如果过了这个时间没有收到作者们的反馈，proof就会被按照当前的形式发表了。如果检查和修改proof的时间实在不够，通讯作者可以和排版编辑要求多给些时间，一般是没问题的。
过了修改proof的环节之后，论文才会进入发表环节。大家可以看出来，在上面这些环节中，通讯作者的责任相当重大，一定要经常检查邮件才可以，否则会耽误事情。同学们现在知道为什么接到论文录用通知后，并不意味着万事大吉了吧。
